Ialt 13 byrådsmedlemmer fra de borgerlige, Sonja Rasmussen og Dansk Folkeparti stemte nej.
11 socialdemokrater og SFere stemte for, mens en socialdemokrat var fraværende.
Oprindelig var der ellers stort flertal for den lokalplan, der skulle gøre det muligt at etablere friskole i en tidligere fabriksbygning i Marslev.
Men mens loaklplanen har været i høring, har de 11 borgerlige i byrådet skiftet mening.
Den Arabiske Familiefonds planer om en friskole har desuden mødt kraftig modstand blandt byens beboere.
Se LIVE sending fra Kerteminde Rådhus i TV 2/Fyn torsdag klokken 19.30.